民国二十六年（1937年）2月下旬，中国地质学会第13次年会在北平（今北京）召开，陈列馆建成14个陈列室（新生代、古生代及中生代、金属矿产、非金属矿产、西山地质、普通地质、周口店猿人洞、变质岩、火山岩、水成岩、地层、地质构造、矿物和土壤），以不少于南京馆的展品量向社会开放。其中最引人注目的要数“北京人”头盖骨模型和仰韶陶器。同年，“七七事变”北平沦陷前夕，杨钟键接任北平分所所长。同年10月底，北平分馆正式撤销。北平分馆的标本全部留在北平。新生代研究室副主任裴文中负责沦陷区的资产。同年11月，日军占领上海逼近南京，地质调查所同其它机构一样，仓促撤退，并限期三五天内搬完。北平分所的杨钟键所长亦南下到大后方长沙、昆明。陈列馆精选标本313箱，由高振西经水路押运至武汉。11月下旬又运到长沙，进行简单修整。实际上，地质调查所图书馆、陈列馆部分馆藏虽由南京西迁，但仍有百余箱未及运出。 [41]同时，为应对动荡局势，北平地质矿产陈列馆将前后门对调，即正门由丰盛胡同3号改在兵马司胡同甲58号（现6号），与北平分所正门兵马司胡同9号（现15号）近在咫尺。同年12月13日，南京沦陷之前，馆长盛莘夫奉命留守南京，凭借流利的日语与日军周旋，避免了更大的损失。作为“南京大屠杀”的幸存者逃出南京，后回到重庆北碚。 [40]
