都指挥使司方面，明朝共有17个都司、3个行都司、1个留守司。17个都司中，有13个都司与布政使司同名，其它3个分别是北直隶境内的万全都司、大宁都司和山东省的辽东都司。3个行都司分别是陕西行都司（治甘州卫，今张掖市）、四川行都司（治建昌卫，今西昌市）、山西行都司（治太原府，今太原市）。1个留守司是洪武年间设置的中都留守司（今凤阳县）。此外，还有统辖黑龙江、松花江流域和库页岛等地的奴儿干都司，在政教合一的青海、西藏地区设置有乌斯藏都司、朵甘都司，另有置于今甘肃、青海交界地区的哈密、曲先等卫，不过这些属于羁縻性质，与内地的都司、行都司性质不同。
